La constitución de 1999 dio origen a una nueva justicia militar. En el conjunto de cambios e innovaciones que la Constitución 
introdujo al sistema de administración de justicia en el país, los cambios más profundos se produjeron en el sector de la justicia militar. La justicia penal militar es parte de la justicia penal. Sólo es una parte especializada de dicha justicia. Históricamente había venido siendo tratada en el país como una justicia a parte, con poca vinculación con el resto del sistema de administración de justicia. A nivel constitucional no estaba expresamente definida. Su organización, funcionamiento y competencias las definió el Código de Justicia Militar. En la Constitución de 1961 ya existía el Código de Justicia Militar y éste se reformó en 1967 sin alterar su esencia. Los jueces se designaban de una manera distinta a como se elegían todos los jueces del país, su sistema de evaluación era distinto y el órgano encargado de controlar y orientar la actividad de los jueces en el país, no tenía ingerencia en la justicia militar. Lo más grave aún, el Poder Ejecutivo tenía una abierta injerencia tanto en la designación de jueces como en el propio sistema procesal. Una justicia militar con una abierta intervención del Poder Ejecutivo y diseñada sobre la base de la obediencia jerárquica no era garantía de una actuación independiente de sus órganos y por lo tanto de decisiones objetivas y justas. La Constitución de 1961 no reguló expresamente el fuero militar. La nueva Constitución expresamente establec
e las competencias y funcionamiento de la justicia militar. El artículo 261 reza: “La jurisdicción penal militar es parte integrante del poder judicial, y sus jueces o juezas serán seleccionados o seleccionadas por concurso. Su ámbito de competencia, organización y modalidades de funcionamiento se regirán por el sistema acusatorio y de acuerdo a lo previsto en el Código Orgánico de Justicia Militar. La Comisión de delitos comunes, violaciones a los derechos humanos y crímenes de lesa humanidad, serán juzgados por los tribunales ordinarios. La competencia de los tribunales militares se limita a los delitos de naturaleza militar. La ley regulará lo relativo a las jurisdicciones especiales y a la competencia, organización y funcionamiento de los tribunales en cuanto no estén previsto en esta Constitución.”
Este artículo le da un cambio radical a la justicia militar. Podríamos interpretar, que la design
ación de los magistrados de los tribunales militares debe estar sometida a concurso de igual manera que los jueces de la jurisdicción ordinaria rompiendo así, con el paradigma .y la costumbre que se mantenía anterior al 1999. Es decir, que no pueden ser designados como un cargo público ordinario sino que debe reunir las características esenciales de los magistrados de la jurisdicción penal ordinaria y que como mínimo deben ser abogados obviando lo establecido en el Código Orgánico Militar que no rige, a pesar de ser orgánico esta materia. Esto es extensivo al nombramiento de fiscales de esta jurisdicción.
introdujo al sistema de administración de justicia en el país, los cambios más profundos se produjeron en el sector de la justicia militar. La justicia penal militar es parte de la justicia penal. Sólo es una parte especializada de dicha justicia. Históricamente había venido siendo tratada en el país como una justicia a parte, con poca vinculación con el resto del sistema de administración de justicia. A nivel constitucional no estaba expresamente definida. Su organización, funcionamiento y competencias las definió el Código de Justicia Militar. En la Constitución de 1961 ya existía el Código de Justicia Militar y éste se reformó en 1967 sin alterar su esencia. Los jueces se designaban de una manera distinta a como se elegían todos los jueces del país, su sistema de evaluación era distinto y el órgano encargado de controlar y orientar la actividad de los jueces en el país, no tenía ingerencia en la justicia militar. Lo más grave aún, el Poder Ejecutivo tenía una abierta injerencia tanto en la designación de jueces como en el propio sistema procesal. Una justicia militar con una abierta intervención del Poder Ejecutivo y diseñada sobre la base de la obediencia jerárquica no era garantía de una actuación independiente de sus órganos y por lo tanto de decisiones objetivas y justas. La Constitución de 1961 no reguló expresamente el fuero militar. La nueva Constitución expresamente establec
e las competencias y funcionamiento de la justicia militar. El artículo 261 reza: “La jurisdicción penal militar es parte integrante del poder judicial, y sus jueces o juezas serán seleccionados o seleccionadas por concurso. Su ámbito de competencia, organización y modalidades de funcionamiento se regirán por el sistema acusatorio y de acuerdo a lo previsto en el Código Orgánico de Justicia Militar. La Comisión de delitos comunes, violaciones a los derechos humanos y crímenes de lesa humanidad, serán juzgados por los tribunales ordinarios. La competencia de los tribunales militares se limita a los delitos de naturaleza militar. La ley regulará lo relativo a las jurisdicciones especiales y a la competencia, organización y funcionamiento de los tribunales en cuanto no estén previsto en esta Constitución.”Este artículo le da un cambio radical a la justicia militar. Podríamos interpretar, que la design
ación de los magistrados de los tribunales militares debe estar sometida a concurso de igual manera que los jueces de la jurisdicción ordinaria rompiendo así, con el paradigma .y la costumbre que se mantenía anterior al 1999. Es decir, que no pueden ser designados como un cargo público ordinario sino que debe reunir las características esenciales de los magistrados de la jurisdicción penal ordinaria y que como mínimo deben ser abogados obviando lo establecido en el Código Orgánico Militar que no rige, a pesar de ser orgánico esta materia. Esto es extensivo al nombramiento de fiscales de esta jurisdicción. 
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